La Universidad Nacional de Entre Ríos fue creada por Ley Nº 20.366, de mayo de 1973 y consistió en la aglutinación, bajo un mismo rectorado, de una serie de unidades académicas preexistentes que dependían de diversas jurisdicciones (Universidad del Litoral, Universidad Católica Argentina) más otras que se crearon conjuntamente con la Universidad.
Fue una de las dieciséis universidades creadas entre mayo de 1971 y mayo de 1973 por el entonces Gobierno de Facto del Gral Lanusse, que asumió las ideas del Plan Taquini. En la conciencia de los actores institucionales, la creación de la Universidad Nacional de Entre Ríos ocurrió como resultado de una demanda histórica y reivindicativa de la población de la provincia, dado los numerosos antecedentes e iniciativas impulsadas previamente para la cristalización de este objetivo.
Finalmente, el 26 de abril de 1986 se reunió en el histórico Colegio de Concepción del Uruguay la primera Asamblea Universitaria en la historia de la UNIVERSIDAD NACIONAL DE ENTRE RÍOS, que eligió a su primer Rector, designación que correspondió al Dr. Eduardo Alberto Barbagelata.
Desde entonces la Universidad es gobernada por autoridades democráticamente elegidas, a través de sus órganos de gobierno
