La Universidad conquistó la Autonomía el 15 de octubre de 1957 en virtud del Decreto N° 170 emitido por la Junta Militar del Gobierno, constituida por los señores Héctor Caraccioli y Roberto Gálvez Barnes.
Ese mismo decreto contiene la primera Ley Orgánica de la Universidad Nacional Autónoma de Honduras, vigente hasta el 11 de febrero de 2005, cuando fue sustituida por la nueva Ley aprobada por el Congreso Nacional según decreto número 209-2004.
La Ley Orgánica permitió que la UNAH desarrollara una educación basada en el pluralismo ideológico, libertad plena de cátedra, estudio, investigación y de vinculación de la universidad con la sociedad; así como la gestión y administración de sus propios recursos.
De igual manera, la autonomía brinda la facultad y capacidad para elegir sin injerencia política sus propias autoridades, emitir las normas reglamentarias y la formulación de las políticas en relación con el ingreso, permanencia y egreso de los estudiantes, entre otras atribuciones.
El artículo 160 de la Constitución de la República vigente establece que la UNAH goza de la exclusividad de organizar, dirigir y desarrollar la educación superior y profesional.
